PhénoBac — Lecture interprétative de l'antibiogramme

01Contexte

Espèce identifiée

Prélèvement

Identification — patient / n° échantillon (optionnel)

Biologiste validateur / laboratoire (optionnel)

Exemples de démonstration

02Antibiogramme

Référentiel

${T("Rendu ciblé", "Targeted reporting")}

Le raisonnement expert, à portée de paillasse.

PhénoBac est un outil d'aide à l'interprétation et à la formation. Il nomme le phénotype de résistance derrière un antibiogramme, signale les incohérences avec les résistances naturelles attendues, et rédige le commentaire du compte-rendu. Il applique au choix l'EUCAST ou le CA-SFM, qui ne rendent pas toujours la même chose. L'antibiogramme se saisit directement en millimètres — la méthode des disques, celle des laboratoires sans automate —, ou en S/I/R, ou en CMI. Toutes les espèces, la saisie en diamètres, l'export et l'entraînement sont accessibles à tous.

Interprétez · Comprenez · Formez

Ce que PhénoBac n'est pas

Ce n'est pas un dispositif médical de diagnostic in vitro, et il ne lit pas vos boîtes : il part des résultats que vous avez déjà lus — catégories S/I/R, CMI, ou diamètres mesurés au pied à coulisse. Il ne remplace ni le jugement du biologiste, ni les tests de confirmation, ni le référentiel en vigueur. La validation biologique reste entière.

Ce qu'il apporte

Le phénotype, pas seulement la catégorie. BLSE, carbapénémase, SARM, MLS_b, AmpC déréprimée, ERV, PSDP — nommés, avec le mécanisme et le niveau de risque.

Trois référentiels, au choix. EUCAST, CA-SFM ou CLSI, avec leurs différences réelles : seuils déplacés, molécules que l'un conserve et l'autre a retirées, et règles de lecture qui divergent. Le CLSI apporte en outre deux rendus que les comités européens n'emploient pas — SDD, sensible à forte posologie, et NS, non sensible — et PhénoBac les nomme sous ce nom.

La lecture interprétative, visible. Quand une catégorie est modifiée — BLSE, carbapénémase confirmée —, le compte-rendu porte la catégorie rendue et celle qui a été lue, avec le motif. Le résultat de paillasse n'est jamais effacé.

Les incohérences. Un résultat contraire aux résistances naturelles attendues de l'espèce est signalé avant le rendu.

La lecture au disque, en millimètres. Entrez les diamètres mesurés : la catégorie se calcule, avec la charge du disque rappelée sous chaque molécule — « 23 mm » ne veut rien dire sans elle. Là où le référentiel ne reconnaît pas la méthode des disques — colistine, vancomycine sur staphylocoque —, l'application refuse de conclure et le dit, plutôt que de laisser croire l'antibiotique non testé.

La surveillance de votre propre résistance. Les antibiogrammes versés alimentent un registre local d'où sortent votre antibiogramme cumulatif et son évolution annuelle, avec la déduplication par patient et le seuil de 30 isolats en dessous duquel aucun pourcentage n'est rendu. Rien ne quitte le poste tant que vous ne le transmettez pas.

Un registre de contrôle de qualité. Les diamètres obtenus sur souche de référence sont confrontés aux cibles du CA-SFM, enregistrés avec leur date, le lot de disques et la conduite tenue en cas d'écart, et exportables en CSV. L'application refuse d'enregistrer une non-conformité sans conduite tenue.

Les dépistages, à leur place. Sur le pneumocoque, les β-lactamines ne se lisent pas au disque : c'est le disque d'oxacilline 1 µg qui répond. Sur les streptocoques A, C et G, le CA-SFM n'autorise qu'à reconnaître les souches sensibles. Dans les deux cas, PhénoBac applique la règle et ne rend jamais « résistant » sur un simple dépistage.

Les zones d'incertitude technique. Quand la valeur mesurée tombe là où la catégorie n'est plus reproductible, PhénoBac le dit et rappelle la conduite à tenir — sans jamais dégrader la catégorie de lui-même.

Les molécules de recours. Témocilline, céfidérocol, daptomycine, minocycline, moxifloxacine, à côté du panel usuel.

Ce que le référentiel ne chiffre pas, PhénoBac ne l'invente pas. Là où le document ne donne aucune concentration critique, l'application ne pose pas de chiffre de son cru : elle applique ce que le document prescrit à la place, et cite la page.

La catégorie déduite d'une autre molécule. Chez les streptocoques A, B, C et G, l'amoxicilline et la céfotaxime se reprennent de la pénicilline G ; chez Campylobacter, l'azithromycine de l'érythromycine et la doxycycline de la tétracycline. Le compte-rendu nomme la molécule dont la catégorie vient.

Un troisième rendu, quand « sensible » est interdit. Pour quelques couples, le document donne un seuil qui n'est pas clinique : il sépare la souche sauvage de celle qui a acquis un mécanisme de résistance, et défend de conclure « sensible ». PhénoBac ne rend alors ni S, ni I, ni R — il écrit la phrase que le comité demande.

Les examens exigés avant de conclure. La recherche de β-lactamase chez Pasteurella et Moraxella est posée en question, et la catégorie en dépend — avec, pour Moraxella, les DEUX conditions du CA-SFM : test négatif ET amoxicilline-acide clavulanique sensible.

Une mesure n'est jamais perdue. Une CMI ou un diamètre que le référentiel ne permet pas de traduire est nommé, avec sa valeur et la raison — jamais passé sous silence comme si l'antibiotique n'avait pas été testé.

Le commentaire du compte-rendu, rédigé et prêt à copier.

Un mode entraînement — interprétation, identification, cas complets — pour la formation des techniciens et des étudiants.

Hors-ligne. Installable sur téléphone, utilisable sans réseau une fois ouvert.

Concentrations critiques

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Trois référentiels sont disponibles, au choix, dans l'encadré « Antibiogramme » : l'EUCAST, socle commun européen ; le CA-SFM, qui est l'EUCAST assorti des différences françaises que son comité publie et justifie chaque année ; et le CLSI, référentiel nord-américain (M100 Ed36:2026, complété par le M45 pour les germes peu courants). Du CA-SFM, PhénoBac ne recopie que les différences : tout couple germe-antibiotique qu'elles ne mentionnent pas garde sa valeur EUCAST. Le CLSI, lui, est transcrit pour lui-même et ne se replie jamais sur l'EUCAST : il couvre tous les groupes de germes sauf deux — Achromobacter, que le document ne traite pas, et Burkholderia cepacia, dont le comité a retiré les concentrations critiques — et là où il ne chiffre rien, l'application le dit au lieu d'emprunter un seuil ailleurs.

Le choix n'est pas cosmétique. Il déplace des seuils — la vancomycine sur S. aureus, la pénicilline G sur les streptocoques A, C et G, le cotrimoxazole selon que l'infection est urinaire ou non — et il change la lecture interprétative : l'EUCAST ne réinterprète plus les céphalosporines en cas de BLSE, le CA-SFM le fait, et rend les carbapénèmes résistants dès qu'une carbapénémase est confirmée. Quand une catégorie est ainsi modifiée, le compte-rendu porte la catégorie rendue et la catégorie lue, avec le motif. Le CLSI ajoute en plus deux rendus qui n'existent ni à l'EUCAST ni au CA-SFM : SDD — sensible à condition d'augmenter la posologie, là où les comités européens écriraient « I » — et NS, non sensible, quand le document refuse de séparer I de R. PhénoBac les affiche sous leur nom, et ne les retraduit pas en S/I/R.

Quelques couples portent en outre une zone d'incertitude technique : à cette valeur précise de CMI, la catégorisation n'est pas reproductible. PhénoBac l'affiche et rappelle les options — répéter le test, recourir à une autre méthode, signaler l'incertitude —, mais ne dégrade jamais la catégorie de lui-même : l'EUCAST l'admet parmi d'autres options, le CA-SFM l'écarte, et la décision appartient au biologiste.

Les seuils sont modifiables dans « Concentrations critiques » : calez-les sur le référentiel de votre laboratoire avant tout rendu. Lorsque le référentiel ne fixe pas de seuil pour un couple germe-antibiotique, la valeur proposée est une convention de laboratoire, pas une valeur officielle — l'éditeur la marque.

Le raisonnement expert, à portée de paillasse.

Ce que PhénoBac n'est pas

Ce qu'il apporte

Concentrations critiques

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